In 2000 wordt Antarctica getroffen door een meteoriet waardoor het waterpeil stijgt en dus het landschap en de mensheid aanzienlijk verandert. In 2015 heeft de mensheid zich reeds goed hersteld van de catastrofe, afgezien dan van de `Engelen', monsters die om een of andere reden de rest van de mensheid proberen te vernielen. In Japan bestaat er een organisatie - Nerv - die met behulp van een robot en de piloot, de Engelen moet proberen tegen te houden...En dan komt Shinji op de proppen. Shinji is in de steek gelaten door zijn vader en krijgt na tien jaar de gelegenheid om hem terug te zien. De situatie is echter niet al te hartelijk, want Shinji's vader is het hoofd van Nerv en heeft besloten dat de perfecte piloot voor de Eva-O1 Shinji zou zijn...