Jeremy, Aelita, Ulrich, Yumi en Odd weten niet dat ze de toegang tot Lyoko aan hun ergste vijand hebben verraden, door Eva Skinner binnen te loodsen in de fabriek van de supercomputer. En niet alleen aan hun ergste vijand. Want er was ook nog Grigory Nictapolus die hen bespiedde, de meedogenloze agent van de terroristische groep Green Phoenix. Zo komt het dat X.A.N.A. erin slaagt zijn oude krachten te heroveren wanneer Jeremy de werelden van Lyoko en van de Eerste Stad verenigt.X.A.N.A. besluit om een bondgenootschap te sluiten met de Green Phoenix, om zo het verschrikkelijke leger dat de virtuele wereld herbergt te activeren …