De belegerde Republiek wankelt onder de aanvallen van grootadmiraal Thrawn. Hij voert de restanten van de keizerlijke strijdkrachten aan en heeft de rebellen teruggedreven. Dit heeft hij voor elkaar gekregen dankzij een afschuwelijke technologie die hij heeft opgediept uit de geheime vesting van de keizer: kloonsoldaten.Terwijl Thrawn aan zijn laatste beleg begint, doen Han en Chewbacca hun best om een coalitie van smokkelaars te vormen voor een laatste wanhopige aanval op het Keizerrijk. Leia probeert ondertussen de Alliantie bijeen te houden en zich voor te bereiden op de geboorte van haar Jedi-tweeling. Overweldigd door de schepen en klonen van Thrawn, vestigt de Republiek zijn laatste hoop: op een kleine troepenmacht onder leiding van Luke Skywalker. Ze sturen hem naar de vesting waar de vreselijke kloonmachines van Thrawn staan.Daar ligt een laatste gevaar op de loer, want de voormalig Jedi C'baoth leidt de strijd tegen de Rebellen. Hij heeft het pas van de duistere kant gekozen en zet al zijn krachten in om te voltooien waar hij al aan begonnen was: de vernietiging van Luke Skywalker.