Estland tijdens de Tweede Wereldoorlog. Het land is bezet door de Russen en Roland en zijn neef Edgar zitten als 'woudbroeders' in het verzet. Ze verschuilen zich in de bossen of zijn ondergedoken bij familie. Als de Russen door de Duitsers worden verdreven en Rolands vrouw wordt vermoord, drijft dat de twee neven uit elkaar. Edgar kiest voor de Duitse zaak, Roland blijft in het ondergrondse verzet.
In de jaren zestig maakt Edgar, alias kameraad Parts, inmiddels carrière door te schrijven over de Duitse bezetting en het ontmaskeren van fascistische Esten. Zijn onderzoek brengt hem op het spoor van zijn ex-vrouw Juudit en zijn neef, wier levens anders zijn verlopen dan hij vermoedde.

Als de duiven verdwijnen is een literaire, spannende roman over keuzes en over trouw en ontrouw, tegen de achtergrond van de gebeurtenissen in de jaren veertig en zestig van Estland.