Nuri is nog maar een kind als zijn moeder overlijdt. Het lijkt of niets de leegte kan vullen die zij heeft achtergelaten. Tot hij op een vakantie Mona ziet. Als de verdrietige jongen deze schitterende vrouw tegen het lijf loopt, verdwijnt voor hem ineens de rest van de wereld. Maar het is de vader van Nuri op wie Mona verliefd wordt en met wie zij trouwt. Hun geluk wordt een obsessie voor hem, en hij droomt er zelfs van dat zijn vader zal verdwijnen. Op verschrikkelijke wijze komt zijn wens uit, en dan storten zijn wereld en die van zijn stiefmoeder volledig in elkaar. En zij beseffen hoe weinig zij eigenlijk wisten van de man waar zij beiden zo veel van hielden.
Anatomie van een verdwijning is het verhaal van een jongen en een vrouw die door het verlies van een geliefde hun eigen levens opnieuw vorm moeten geven.