Vroeger was hij een black-ops-sluipmoordenaar in dienst van de overheid. Zijn codenaam: Orphan X. Maar Evan Smoak brak met zijn werkgever en sindsdien gebruikt hij zijn vaardigheden om diegenen te helpen die nergens anders terechtkunnen.

Wanneer Evan hoort over de ontvoering van een jonge vrouw in de metro van New York, komt hij in actie. Ze heeft dringend hulp nodig, maar er zijn vrijwel geen aanwijzingen. Als hij de vrouw toch weet te vinden, blijkt ze zwaar mishandeld te zijn. De daders zijn spoorloos. Evan stelt voor naar hen op zoek te gaan en de vrouw accepteert zijn aanbod, onder één voorwaarde: hij mag geen wraak nemen en al helemaal niemand doden. En laat dat nou juist zijn waar Orphan X zo goed in is…

Op een missie die hem door heel Amerika voert, van de armste buurten tot de rijkste milieus, moet Orphan X onschuldigen beschermen, slachtoffers recht doen en een balans vinden tussen gerechtigheid en genade.