De Sith zijn terug en brengen oorlog in hun kielzog mee. Steeds meer planeten hebben zich afgescheiden van de Republiek en vormen nu als de separatisten een grote dreiging onder leiding van een voormalige Jedi, graaf Dooku. Hij is de nieuwe volgeling van Sith lord, Darth Sidious. Ondertussen wordt Jedi-meester Obi-Wan Kenobi op een geheime missie gestuurd in de Outer Rim, zodat zijn jonge Padawan Anakin Skywalker de duistere kant alleen moet weerstaan...