Bijna-Tokio begint met een beeld van een knappe jonge vrouw: Amami Seinobu. Ze staat op een oude zwart-witte klassenfoto die ons hoofdpersonage, de 18-jarige eindexamenstudent Rishki Tayame, in zijn hand heeft. Rishki kan niet bevatten waarom hij zo geobsedeerd is door haar. Onmiddellijk daarna gaat hij op schoolreis naar de Mount Huji. Terwijl hij in de klamme, zomerse bus mijmert over zijn ongelukkige leven in Bijna-Tokio ziet hij plots een fel, wit licht van de berg komen. Hij ontsnapt van zijn klas en klimt de berg op. Voordat het gelukzalige gevoel dat het licht hem geeft hem doet ontsnappen aan zijn oude leven in Bijna-Tokio, schiet het licht omhoog en kleurt de hemel ineens felrood. Voor hem staat Amami, naakt en dreigend als een beest.