Het schip van een Nederlandse kapitein wordt overvallen door hedendaagse Indonesische piraten in de Zuid-Chinese Zee. De kapitein wordt gegijzeld en gevangen gezet in Borneo. De Nederlandse onderzoeker Aad Mulder probeert de kapitein vrij te krijgen, maar bij de losgeldonderhandelingen loopt het anders dan bedoeld. Soms gaat alles anders dan je denkt... In De Borneo Affaire zitten waargebeurde voorvallen, maar ook fictie. Met dit boek probeert de schrijver een verhaal te schrijven dat ook in het echt gebeurd kan zijn.