Japan, 1868. Hana is nog maar zeventien wanneer haar echtgenoot het leger in gaat en zij alleen achterblijft. Al snel wordt haar huis geplunderd door vijandige soldaten en moet ze vluchten voor haar leven. Ze vindt uiteindelijk onderdak in de Yoshiwara, de Stad Zonder Nacht. In die beruchte rosse buurt van Tokio, waar drieduizend courtisanes leven, moet ook zij haar lichaam te koop aanbieden om het hoofd boven water te kunnen houden. Daar ontmoet ze Yozo, een avonturier en briljant zwaardvechter die zich als ontsnapt krijgsgevangene schuilhoudt voor de autoriteiten. Nergens kan dat beter dan in de Yoshiwara. Al snel bloeit er een voorzichtige liefde op tussen Hana en Yozo. Maar beiden verbergen een geheim dat zo verschrikkelijk is dat het hun leven in gevaar kan brengen… De courtisane en de samoerai is gebaseerd op waargebeurde historische gebeurtenissen en vermengt feiten en fictie, spanning en sensualiteit in een episch verhaal over liefde in tijden van oorlog.