Thomas, Teresa en de andere overlevenden van het labyrint zijn ontsnapt. Maar zijn hun beproevingen nu echt voorbij? Kunnen ze nog terugkeren naar hun oude levens, waarvan ze zich niets meer herinneren? Zijn hun redders te vertrouwen? Teresa wordt van de groep gescheiden. Om haar terug te vinden staat Thomas en de anderen een aantal zware opgaven te wachten.