Parijs, 1882. De jonge Engelse archeologe Sarah Kincaid woont in Frankrijk een wetenschappelijk symposium bij. Daar krijgt ze van de waarzegger Maurice du Gard te horen dat haar vader, die op een geheime regeringsmissie is, in levensgevaar verkeert. Tegen alle waarschuwingen in stelt Sarah direct alles in het werk om hem te redden. Een avontuurlijke reis voert haar van Parijs naar Malta en Alexandrië.
Opgejaagd door een mysterieuze killer vindt Sarah haar vader uiteindelijk en terwijl Alexandrië door Britse kannoneerboten wordt beschoten, begeven beiden zich in de catacomben van de stad op zoek naar het grootste geheim van de antieke wereld: de verdwenen bibliotheek van Alexandrië.