De tweeling Jared en Simon en hun zus Mallory zijn verhuisd vanuit New York. Ze wonen nu met hun moeder in het oude, afgelegen huis van hun oudoom Arthur Spiderwick. Sinds de verhuizing gebeuren er vreemde dingen: er verdwijnen allerlei spullen en er gebeuren aan de lopende band onverklaarbare ongelukjes. De onhandige Jared krijgt steeds de schuld van hun moeder, maar Jared, Simon en Mallory denken dat er meer aan de hand is. Ze besluiten op onderzoek uit te gaan en ontdekken dan de fantastische waarheid over het Spiderwick-landgoed en de wel heel bijzondere wezens die er wonen.