Een gat in de golven vertelt het verhaal van het leven van Erik, die pas langzaam maar zeker ontdekt dat een gebeurtenis uit zijn jeugd – de verdrinking van een vriendin tijdens een zeiltocht – op een onheilspellende manier invloed heeft op zijn leven. Dat brengt hem in zijn laatste jaren tot een uitzichtloos bestaan aan boord van een afgedankte kotter in een afgelegen plezierhaven. Als bij toeval maakt hij twee vrienden, Floor en Truffel. Wanneer zij elkaars verhaal hebben verteld wordt duidelijk dat hun besluit om met een vage bestemming de zee op te gaan eerder voortkomt uit een onbestemd zoeken naar iets anders, dan uit een gezonde zucht naar avontuur. Heine heeft zijn verhaal in een parallelle vorm gegoten: het verloop van Eriks leven en diens pseudo-schippersbestaan worden naast elkaar verteld.