Saïd is de zoon van een Nederlandse moeder en een Marokkaanse vader, een virtuoze ud-speler die vluchtte voor het vaderschap en terugkeerde naar Marokko. Op 21-jarige leeftijd besluit Saïd zijn vader te gaan zoeken. Een jeugdvriend vergezelt hem tijdens de reis, die in de medina van Fès begint en hen steeds dieper Marokko in brengt. Onderweg proberen ze hun verwaterde vriendschap nieuw leven in te blazen, maar ze blijken allebei veranderd te zijn en de seksuele verwarring zorgt voor onderhuidse spanningen.
De zoektocht voert Saïd steeds meer in de richting van ontgoocheling en in de armen van de islam, om uit te monden in een wanhoopsdaad die zijn weerga niet kent. In Harlekino komen de grote thema's van ons onzekere tijdperk aan bod: de botsing der beschavingen en religies, ontheemding en migratie.