De ontdekking van een nieuwe theorie leidt tot de ontdekking van een internationale, grootschalige fraude. Een Nederlandse natuurkundeleraar heeft lang gewerkt aan een nieuwe theorie. Als hij op uitnodiging naar CERN naar Genève reist om zijn theorie toe te lichten verdwijnt hij. Han Vlaar krijgt de opdracht hem op te sporen. Hij vindt in Genève aanwijzingen die naar Sint Maarten leiden waar hij hem uiteindelijk weet te bevrijden. De dingen gaan echter niet zoals hij had verwacht. Er blijken krachten actief die het op wetenschappers hebben gemunt die andere theorieën aanhangen dan de kwantum-theorie. De moord op een Nederlandse journalist in de buurt van Genève leidt tot de ontdekking van een criminele organisatie waarin verschillende medewerkers van CERN een centrale rol spelen. Langzaam maar zeker ontvouwt zich de werkelijke reden achter deze organisatie. Het onderzoek verplaatst zich naar Wenen waar de nieuwe theorie te maken heeft met de oorzaak van de grootste explosie in de Oostenrijkse geschiedenis. De dreiging is echter nog niet voorbij.Met het CERN-complot heeft Anthonie van den Ende een zeer realistische thriller geschreven. De lezer wordt meegenomen in de wereld rond een wetenschap, de kwantumtheorie, die niemand begrijpt en waaraan miljarden aan onderzoek wordt uitgegeven.