Twintig jaar geleden was Kaboel een fraaie stad, waar de zevenjarige Qais Akbar Omar vliegerde op het dak van zijn grootvader. Maar dan breekt de burgeroorlog uit. Zijn grootvaders huis ligt in de vuurlinie, dus zoekt de familie een veiliger onderdak in een oud fort aan de rand van de stad. Wanneer het gevaarlijk blijft in Kaboel, besluit Qais vader met zijn gezin Afghanistan te ontvluchten. Een avontuurlijke tocht naar de grens volgt, waarbij ze onder meer verblijven in de grotten achter de reusachtige Boeddhabeelden in Bamiyan en een tijdje meetrekken met een nomadenstam. Terwijl zijn vader tevergeefs zoekt naar smokkelaars om hen over de grens te brengen, leert Qais een doofstomme tapijtmaakster kennen. Zijn leven zal door deze ontmoeting voor altijd anders zijn.

Het Fort met de negen torens is niet alleen een uitzonderlijk boek over een prachtig land dat wordt verscheurd door oorlog, maar ook het bewijs dat verhalen mensen kracht kunnen geven, troosten en met elkaar verbinden.