Tijdens zijn studie Iconografie stuit Sepp Vermaes op het bestaan van een groot geheim met betrekking tot het riviertje de Kleine Dommel bij Geldrop in Noord-Brabant. In de loop van zijn onderzoek ontdekt Vermaes wereldwijd verspreide aanwijzingen, die allemaal lijken uit te komen bij Kasteel Geldrop. Via dit kasteel vindt hij een complexe code die is afgeleid van het Eeuwich Edict van 12 juli 1611. Een en ander lijkt te zijn opgezet door genootschappen als vrijmetselaars en Zwanenbroeders. Sepp Vermaes wordt opgemerkt door de internationale inlichtingendienst SISUW, die hem na zijn afstuderen inlijft.

Vermaes wordt uitgenodigd om op 12 juni 2017 tegenover een select gezelschap deel te nemen aan de onthulling van het geheim. Al snel blijkt dat er kapers op de kust zijn. Met op de achtergrond een duister netwerk van mensen met uiteenlopende belangen, ontrolt de onthulling van het geheim zich als een detective. Kunstschilders als Peter Paul Rubens en Jan van Scorel blijken te hebben meegewerkt aan de codering van aanwijzingen. Via onder andere de drie hoogste bergen van de wereld, de Alpenlanden, de Keys in Florida, de Sint-Pieter in Rome en het Zuid-Franse dorp Rennes-le-Château, wordt langzaam duidelijk op welke manier de Kleine Dommel haar geheim zal prijsgeven.

Het Hubertus Mysterie is een boeiende feit-fictie onderzoeksroman met in de hoofdrol Starry Bergsma van SISUW. De roman is een ware eyeopener met opzienbarende non-fictieve conclusies die doorlopen tot in het heden.