De militaire supercomputer die ze zojuist opnieuw hebben
geactiveerd, brengt Jeremy, Yumi, Ulrich en Odd naar het hart van Lyoko, een parallelle digitale wereld, die bewoond wordt door X.A.N.A., een boosaardige artificiële intelligentie, die de echte wereld wil controleren.
Daar ontmoeten de vier vrienden ook een antivirus meisje, het enige wapen tegen X.A.N.A. Ze heet Aelita, en herinnert zich haast niets meer over haar verleden. Een verleden, onlosmakelijk verbonden met Lyoko en zijn geheimen …
Jeremy Belpois is de leider van Code Lyoko, een groepje kinderen met een flink stel hersenen.