Anderhalf jaar voor zijn pensionering wordt kapitein ter zee Pieter Koenraad (1890-1968) in 1938 uitgezonden naar Nederlands Oost-Indië. Het zouden uiteindelijk acht enerverende jaren worden. Als commandant der marine in Soerabaja maakt hij de strijd tegen de invallende Japanners in 1942 van zeer nabij mee. Hij luncht met schout-bij-nacht Karel Doorman, vlak voordat deze met het geallieerde eskader uitvaart en de volgende dag, op 27 februari, met zijn vlaggenschip Hr.Ms. De Ruyter in de Javazee ten onder gaat.

Op 2 maart gelast Koenraad de vernieling van het Marine Etablissement in Soerabaja, waar circa 18.000 mensen werken. Met de laatst beschikbare onderzeeboot Hr.Ms. K 12 evacueert hij naar Australië, vanwaar hij doorreist naar Engeland. In 1943 wordt hij benoemd tot marinecommandant Australië en onderbevelhebber der strijdkrachten in het oosten. Na de capitulatie van Japan is hij nog een aantal maanden waarnemend commandant der zeemacht in Nederlands-Indië en wordt hij geconfronteerd met de gewelddadigheden van de Bersiap-periode. Vanaf de bevrijding van Nederland in mei 1945 tot en met zijn thuiskomst schrijft Koenraad vanuit de Oost luchtpostbrieven over zijn belevenissen tijdens de oorlog aan zijn familieleden in Nederland.

De brieven bieden het persoonlijke verhaal van een hooggeplaatste marineofficier, die tijdens de Tweede Wereldoorlog één van de brandpunten van de strijd tegen Japan meemaakt. 'In de schaduw van de Javazee' verschaft de lezer op een unieke manier inzicht in de problemen waarmee ons land in Nederlands-Indië, tijdens de oorlog en na de capitulatie van Japan, wordt geconfronteerd. Pieter Koenraad is openhartig over persoonlijke aangelegenheden en kritisch over de rol van diverse bekende politici en militairen in de top van de vaderlandse krijgsmacht.