Indonesië vanuit Zee is een boeiend ooggetuigenverslag van een minder bekend stukje Vaderlandse geschiedenis: de activiteiten van de Nederlandse Marine in Nederlands Indië in de jaren vlak na de Tweede Wereldoorlog, een roerige tijd. Johan Hottinga beschrijft zijn belevenissen bij de Kleine Vaartuigen Dienst, een lelijk eendje onder de Nederlandse marinevlag. Onder primitieve omstandigheden groeit de bemanning van elke boot naar elkaar toe bij het uitvoeren van hun vaak moeilijke en gevaarlijke taken.