Na het verlies van Zane tijdens hun laatste gevecht tegen de Overlord, gaan Kai, Cole, Jay en Lloyd ieder hun eigen kant op. Maar dan ontvangen ze een mysterieuze uitnodiging voor Master Chens Toernooi der Elementen. In de uitnodiging wordt gezegd dat Zane misschien nog leeft! De vier Ninja's verenigen zich in de hoop Zane terug te vinden op Chens eiland. Aangekomen op Chens eiland ontmoeten ze 'lotgenoten' die ook heel bijzondere krachten blijken te hebben...