Top Secret vertelt hoe James en zijn zusje Lauren na de dood van hun moeder wordt gerekruteerd door CHERUB. Na een loodzware training die 100 dagen duurt wordt James op zijn eerste missie gestuurd: Infiltreren bij milieuactivisten die een terroristische aanslag voorbereiden.

CHERUB is een supergeheime afd3eling van de Britse geheime dient. Wat CHERUB zo bijzonder maakt is dat de agenten allemaal tussen de 11 en 17 jaar oud zijn. Zij wonen op de CHRUB-campus en zijn speciaal getraind om undercoverwerk te verrichten.