Het decor van Nachtwerk is onmiskenbaar Tsjechisch, en er is sprake van een Russische invasie; we zijn dus in 1968. Vanwege de bezetting worden de twee broertjes Ondra en Kamil door hun vader op de bus gezet naar het dorp van hun grootvader. Hun alcoholische moeder is op dat moment opgenomen in een inrichting, en in het dorp aangekomen blijkt hun grootvader net overleden en worden de jongens opgevangen door de hen onbekende oom Polka. Dan moet hun vader voor de politie onderduiken en worden ook de jongens gezocht vanaf dat moment leven ze in gevaar en onzekerheid. Terwijl de rivieren en de bossen in hun omgeving iets onheilspellends verbergen en de plaatselijke bevolking op een heidense gemeenschap met eigenaardige rituelen lijkt, is de band tussen de beide broers uiteindelijk hun enige houvast.