Nadat John Grey een telefoontje kreeg van zijn ex-vrouw Amanda om met spoed naar het archeologisch museum te komen vanwege een bijzondere ontdekking aan een historisch artefact, blijkt zij bij zijn aankomst verdwenen te zijn. Op zoek naar Amanda, komt John in aanraking met verschillende artefacts die allemaal mysterieuze krachten lijken te bezitten. In zijn zoektocht wordt hij geholpen door taxichauffeur Jim Welsh, dokter Jessica Johnson en inspecteur Jeremiah Johnson en brengt hen bij een afgelegen verlaten kerkje in Hvalsey in Groenland, Ayers Rock in Australië, op Paaseiland en bij Stonehenge.
Wat heeft de verdwenen bemanning van de Mary Celeste in 1872 met de verdwijning van Amanda te maken? Wie zijn de geheimzinnige Naviri en waarom zit ook de NSA achter de artefacts aan? Zou hij ooit Amanda terugvinden?