Trudi Montag lijdt sinds haar geboorte in 1915 aan dwerggroei. Doordat ze gevangen zit in een lichaam dat ze verafschuwt voelt ze zich een buitenstaander, iemand die geen deel uitmaakt van de maatschappij. Haar ogen registreren echter alles, al die kleine subtiele veranderingen in de samenleving die haar vertellen dat Duitsland aan het begin staat van een grote catastrofe. Zo beschrijft Stenen van de rivier de geschiedenis van Duitsland: de economische crisis van de jaren twintig, de opkomst van Hitler, het groeiende antisemitisme, de naoorlogse jaren en de verwerking van het verleden.