Een journalist die onderzoek doet naar een ontmoeting tussen een Russische wetenschapper en een jihadist ergens in een Afrikaanse haven, wordt doodgeschoten. Terwijl het vliegdekschip Charles de Gaulle op de Rode Zee vaart, breekt in een buurland een dodelijke epidemie uit. Het schip wordt omgeleid en een humanitaire missie wordt op verkenning gestuurd. Zo begint een nieuwe cyclus van avonturen voor onze helden van het mythische 12F-squadron aan boord van de Charles de Gaulle.