In de late Middeleeuwen werd bij de meeste Hollandse sluizen op aal gevist en vooral in de herfst ontstonden daarover heftige conflicten. Dan trok de vis naar zee om te paaien en zetten de vissers de sluizen wijd open of vernielden de deuren. De boeren en andere beroepsgroepen, zoals de Haarlemse brouwers, hadden echter belang bij dichte sluizen die de weilanden droog hielden en het zilte water weerden. De acties van de vissers waren bovendien gevaarlijk, omdat de herfststormen het water hoog konden opstuwen en zo de veiligheid van mens en dier bedreigden. Rond 1512 liep de situatie geheel uit de hand toen half Zuid-Holland enkele malen overstroomde als gevolg van grote doorbraken van de Spaarndamse dijk tussen Haarlem en Amsterdam. Commissarissen van de hoogste echelons van het Habsburgse rijk reisden naar de Nederlanden om orde op zaken te stellen en hervormingen door te voeren. In Vissen in veenmeren worden deze gebeurtenissen bezien in het kader van de ecologische transformatie tijdens de late Middeleeuwen. Er wordt aandacht besteed aan de vergaande landschappelijke veranderingen zoals het ontstaan van het Haarlemmermeer, de uitbreiding van de habitat van de aal, de toenemende eisen die gesteld werden aan de waterstaatszorg (waarmee het Hoogheemraadschap van Rijnland was belast), de sociaal-economische ontwikkelingen (met name de bedreiging van de landbouw en het ontstaan van internationaal geörienteerde vishandelsondernemingen) en de gevolgen van het staatsvormingsproces, dat een belangrijke schaalvergroting doormaakte door de integratie van de Bourgondische Nederlanden in het Habsburgse rijk.