Wanneer Nederland wordt bezet door de nazi’s, proberen drie Joodse zussen ieder op hun eigen wijze hun leven en dat van hun familieleden te redden. De een duikt onder, de ander ontsnapt met vervalste papieren aan de bezetter en de derde vlucht naar Engeland. Hoewel hun wegen zich scheiden, worden ze alle drie geconfronteerd met het on vermogen hun dierbaren te beschermen.
Zussen is het waargebeurde verhaal van een familie die tijdens de oorlog uiteenvalt en voor hartverscheurende dilemma’s wordt geplaatst. Het volgt de lotgevallen van drie sterke vrouwen en hun pogingen om aan de nazistische vervolgingspolitiek te ontsnappen. Het is ook het verhaal van de strijd om een kind dat na de bevrijding de gaten moet dichten die in haar familie zijn geslagen. Ze wordt door verschillende familieleden opgeëist als het meisje dat alles goed moet maken.