Kristalhelder water, duizenden eilandjes met pittoreske haventjes en de mooiste zwemplekken maken de Stockholm-archipel een populaire vakantiebestemming voor toeristen en vaste zomergasten. De kustwacht is gestationeerd op een van de eilanden en bestaat uit een hechte groepvrijwilligers die de zee en de eilanden als geen ander kennen. Zij kennen de gevaren van de zee, maar worden ook geconfronteerd met de donkere kant van de bezoekers van hun kust.

Op een verstikkend hete dag in juli komen Annika en haar collega Nadia van de vrijwillige kustwacht een op drift geslagen zeilboot tegen op het open water van de Möja-fjord. Er is duidelijk iets niet in orde en ze besluiten aan boord te gaan van het mysterieuze schip. Enkele dagen eerder varen Joanna en haar broer Zack uit met de boot die ooit van hun vader was. Ze hebben elkaar in geen jaren gezien, en hun doel is om eindelijk de boedel van hun ouders te verdelen. Ze halen herinneringen op aan hun kindertijd in een poging weer dichter bij elkaar te komen. Joanna verheugt zich op de rust en vrijheid die de zee haar altijd gaf, maar niets is nog wat het was, en weinig wat het lijkt.
Zwarte zeilen is het begin van een aangrijpende psychologische thrillerserie die zich afspeelt in een van de mooiste en meest geliefde Zweedse landschappen, de scherenkust voor Stockholm.