Mutanten zijn het volgende stadium in de evolutie. Door hun genetische mutaties beschikken ze over krachten die normale mensen niet hebben. Hierdoor worden ze gevreesd en gehaat. Maar een groep mutanten, bekend als de X-Men, vecht voor een wereld waarin mensen en mutanten vreedzaam kunnen samenleven...

Henry McCoy haalde de oorspronkelijke X-Men naar het heden om hen te tonen wat Cyclops zal aanrichten. Intussen is deze oudere Cyclops bezig samen met zijn huidige team nieuwe mutanten te ronselen. En dan staan de jonge X-Men tot hun grote schrik ineens oog in oog met Cyclops en diens teamgenoot... hun aartsvijand Magneto.