Na de dood van Cochise blijven Apachen voor onrust zorgen. In 1875 ontsnapt de opstandige Chiricahua Apache Zwarte Wolf samen met een groep krijgers het reservaat van San Carlos. Uit angst voor een nieuwe oorlog stuurt Fort Apache onmiddelijk koerier Roy Clinton naar Fort Bowie om hen te waarschuwen. Onderweg vindt hij een uitgebrande wagen met het levenloze lichaam van een onbekende man. Na hem begraven te hebben, wordt een overval door een tweetal Apaches hem bijna noodlottig. Zwaargewond bereikt hij de Bentley farm. Vanaf dat moment raakt Clinton in een uiterst delicate kwestie verwikkeld...

Naast zijn werkzaamheden aan Jan, Jans en de kinderen bij Studio Kruis werkte Peter Nuyten aan Apache Junction. Het album bevat 48 pagina's, schetsen en historische achtergrondinformatie.