Susanna van Baerle, dochter van Caspar Barlaeus, trouwde in 1652 met Gerard Brandt, de schrijver van de Historie der Reformatie.Bloem van Wijsheid speelt zich af in Amsterdam, in de zomer van 1674. Wegens ziekte belandt Susanna in bed. Omdat haar geest helder blijft, zoekt ze iets om de tijd te verdrijven. In oude dozen vind ze veel brieven van haar vader en ook een dagboek waarin Barlaeus over zijn verblijf in Dordrecht schrijft, ten tijde van de Synode van 1618-1619. Dit dagboek geeft een goed beeld van het conflict dat zich toen afspeelde tussen Remonstranten en Contraremonstranten. Ook laat het zien hoe onverdraagzaamheid een maatschappij kan ontwrichten. De sfeer in Dordrecht in die tijd en het lot van de Remonstranten, die alles kwijtraakten en verbannen werden naar het buitenland, worden uitvoerig verhaald.Het dagelijks gebeuren in het gezin van Susanna, met haar man Gerard en hun vijf kinderen, wordt ook levendig beschreven.De geneesheer komt regelmatig langs, maar de gezondheid van Susanna gaat beetje bij beetje achteruit. We zien hoe ze daartegen vecht voordat ze in staat is om zich erbij neer te leggen.