1634. De Saerdam, een Oost-Indiëvaarder van de VOC, vertrekt naar Amsterdam met behalve een vrachtruim vol specerijen, ook een aantal passagiers aan boord. Een van hen is detective Samuel Pipps, die in Amsterdam zal worden geëxecuteerd. Hij wordt vergezeld door zijn trouwe lijfwacht Arent Hayes, die vastbesloten is de onschuld van zijn kameraad te bewijzen. Onder de andere aanwezigen bevinden zich ook de gouverneur-generaal en zijn echtgenote, een vrouw met een geheim.

Wanneer het schip op het punt staat de haven van Batavia te verlaten, verschijnt er een onheilspellend symbool op het zeil. Al snel blijkt er geen zegen op de reis te rusten. Een dode leproos waart over het schip, de levende have sterft op raadselachtige wijze en een prediker voorspelt drie gruwelijke wonderen, met dramatische gevolgen. Tot overmaat van ramp klinkt in de nacht een duivelse stem.

Omdat Pipps opgesloten is, rust de taak om de Saerdam en haar opvarenden van de ondergang te redden op Arents schouders.