Door Eva Skinner binnen te loodsen in de fabriek van de
supercomputer beseffen Jeremy, Aelita, Ulrich, Yumi en
Odd niet dat ze kostbare informatie hebben vrijgegeven.
Hun ergste vijand kan er nu achter komen waar de toegang
tot Lyoko zich bevindt. En niet alleen informeerden
ze hun ergste vijand maar ook Grigory Nictapolus, een
meedogenloze agent van de terroristische groep Green
Phoenix. Zo komt het dat X.A.N.A. erin slaagt zijn oude
krachten te heroveren wanneer Jeremy de werelden
van Lyoko en van de Eerste Stad verenigt. X.A.N.A. besluit
om een bondgenootschap te sluiten met de Green
Phoenix, om zo het verschrikkelijke leger dat de virtuele
wereld herbergt te activeren …