Ergens in de binnenlanden van Noord-Uganda houdt één van Afrika's meest gevreesde rebellen zich schuil: Joseph Kony. Deze zelfbenoemde profeet van God voert een leger aan van hoofdzakelijk ontvoerde kinderen dat al meer dan twee decennia dood en verderf zaait onder de eigen bevolking.
Hoewel Kony inmiddels wereldwijd een gezocht oorlogsmisdadiger is, weet niemand
precies wie hij is en wat het doel is van zijn oorlog. Geïntrigeerd door de mythen die Kony omgeven, reisde correspondent Matthew Green af naar het oorlogsgebied. In zijn zoektocht naar de gevreesde leider schept Green middels getuigenissen van slachtoffers, voormalige kindsoldaten en regionale machthebbers een huiveringwekkend beeld van een oorlog die niemand begrijpt.

Uiteindelijk gebeurt er wat Green voor onmogelijk hield: een ontmoeting met Kony zelf.

Naast een portret van deze nietsontziende massamoordenaar schetst De tovenaar van de Nijl nog een veel gruwelijkere realiteit: de Ugandese regering onder leiding van president Museveni en de even schaamteloze Sudanese regering hebben zo hun eigen belangen om dit confl ict in stand te houden.