Evan ‘de Nowhere Man’ Smoak krijgt een verzoek om hulp van een persoon die hij nooit meer dacht terug te zien: zijn moeder.Eerst was hij Orphan X, een assassin die werkte voor de Amerikaanse geheime dienst. Toen werd hij de Nowhere Man en hielp hij diegenen die zich tot niemand anders konden wenden. Nu heeft Evan Smoak een aanbod gekregen van de president: een officieus pardon in ruil voor het stoppen van al zijn illegale activiteiten. Het zou hem de kans bieden om datgene te doen waar hij vrijwel geen ervaring mee heeft: een normaal leven leiden.

Op vrijwel hetzelfde moment krijgt Evan echter vanuit totaal onverwachte hoek een telefoontje. De vrouw beweert zijn moeder te zijn en ze heeft een verzoek: help Andrew Duran, wiens leven totaal is ontspoord toen hij op het verkeerde moment op de verkeerde plek was. Nu heeft Duran een wreed moordenaarsduo achter zich aan – broer en zus – en Evan is zijn laatste hoop. Evan kan haast niet weigeren, maar als degenen die achter de schermen aan de touwtjes trekken ontdekken wat hij van plan is, komt alles waar hij voor gevochten heeft in gevaar.

Om uit de problemen te komen, moet Evan zijn eigen verleden onder ogen zien. Wie hij is en hoe hij zo is geworden, heeft alles te maken met een besluit dat hij als twaalfjarige nam. Toen de Mystery Man in zijn leven kwam en hij het heft in eigen handen nam. Dat besluit blijkt nu, vele jaren later, gevolgen te hebben gehad die de jonge Evan toen met geen mogelijkheid had kunnen voorzien…