Winter 1944, de Hongaarse hoofdstad Boedapest is bezet door de nazis. Miklos Farkas breekt uit een Joods getto om eten te zoeken in het hoofdkwartier van de nazis. Hier krijgt hij het Boedapest Protocol in handen, een document waarin de naoorlogse plannen van de nazis worden beschreven. Miklos realiseert zich dat dit document voor altijd verborgen moet blijven, wil hij het er levend vanaf brengen.Boedapest nu. Terwijl de Europese Unie in beslag wordt genomen door de verkiezingscampagne voor de eerste president van Europa, wordt Miklos Farkas bruut vermoord. Zijn kleinzoon Alex is journalist en gaat op onderzoek uit. Hij ontdekt een ijzingwekkend complot, gesmeed in de laatste dagen van het Derde Rijk, die de economische overheersing van Europa garandeert en plannen voor een nieuwe Holocaust. De jacht naar het Boedapest Protocol is geopendAl snel wordt Alex meegezogen in een dodelijk kat-en-muisspel, dat met de hoogst mogelijke inzet wordt gespeeld: de toekomst van Europa. Alex moet zijn eigen demonen overwinnen om het geheim van een schaduwalliantie te kunnen onthullen, waarvan de wereld dacht dat die allang was verslagen.