Zuid-Amerika, december 1801. De ontdekkingsreiziger Alexander von Humboldt vangt de Marsupilami, een tot dan toe onbekend wezen, en steelt ook drie van zijn eieren. Zijn uitzonderlijke vangst wordt naar het Natuurhistorisch Museum in Berlijn gebracht, waar het verwaarloosd en vervolgens vergeten wordt... Het is op die plek dat Mimi, een klein meisje van zeven jaar oud, in 1931 de Marsupilami ontmoet. Samen zetten ze Berlijn op stelten! Daarnaast proberen ze vooral om de verdwenen eieren van de Marsupilami terug te vinden in de grote stad...