De jongen die in de hemel was is het bijzondere verhaal van de vierjarige Colton, die op stel en sprong moest worden geopereerd aan een acute blindedarmontsteking. De artsen onderkenden te laat dat de situatie levensbedreigend was, en tijdens de operatie krijgt Colton een hartstilstand. Wonder boven wonder herstelt Colton en niet lang daarna begint hij te vertellen over de operatie: dat hij de artsen met hem bezig zag en dat hij zijn vader in een aparte kamer op zijn knieen zag bidden. De familie weet niet zo goed wat ze ermee aan moet, maar al snelhopen de bewijzen zich op. Colton vertelt dat hij zijn zusje, wier leven na drie maanden eindigde in een miskraam en over wie nooit werd gesproken, zijn overgrootvader en zelfs Jezus heeft gezien. Over al deze mensen weet hij details die hij nooit had kunnen weten en de familie realiseert zich gaandeweg dat ze Colton wel moeten geloven De jongen die in de hemel was is hun ongelooflijke verhaal, verteld door Coltons vader, maar in Coltons eigen woorden.