El Topo, een ex-bandiet uit het Wilde Westen, heeft twee zonen bij twee verschillende vrouwen: Kaïn en Abel. De oudste, Kaïn, heeft zijn vader nooit kunnen vergeven dat hij hem in de steek heeft gelaten. Daarom heeft Kaïn gezworen hem te vermoorden. Uit godsvrees durft hij zijn plan echter niet uit te voeren. Hij beslist dan maar om zijn vader, die intussen heilig is, te raken door zijn halfbroer Abel doden. Maar dat is buiten El Topo gerekend ...