Begin jaren zeventig reist de jonge Engelsman Tom Michell naar Argentinië, waar hij een baan heeft gevonden als leraar op een prestigieuze kostschool. Hij verheugt zich op de eindeloze zomervakanties: met een motorfiets wil hij Zuid-Amerika ontdekken. Maar alles verandert wanneer hij op het strand van Uruguay een met olie besmeurde pinguïn vindt. Tom besluit de pinguïn te redden en neemt hem mee naar zijn smetteloze appartement, waar hij het arme beest weer oplapt. Als hij de pinguïn terugbrengt naar het strand wil het dier hem niet meer verlaten. Er zit niks anders op: Tom neemt de aandoenlijke pinguïn, die hij Juan Salvador noemt, mee naar de kostschool, waar de vrolijke vogel ieders hart verovert.

De pinguïnlessen is het waargebeurde en hartverwarmende verhaal over een uitzonderlijke vriendschap tussen een mens en een dier.